Mitch Milam hat einen interessanten Artikel verfasst, der sich mit der Problematik beschäftigt, dass beim Zugriff via STSADM eine Fehlermeldung erscheint, dass auf die Konfigurationsdatenbank nicht zugegriffen werden kann.

Grob zusammengefasst: der Benutzer, der mit STSADM arbeitet braucht Zugriffsrechte auf den SQL Server auf dem die Datenbank(en) liegt.